随着非洲海运的发展，外贸在经济中开始逐渐占有重要位置，这对索马里海运产生了一定的影响
。传统出口商品为活畜(20世纪90年代年均出口约300-350万头)、

香蕉
、乳香、没药和皮革。主要进口原油、机械及零配件
、食品
、车辆、建材、医药和纺织品等。索马里交通运输业落后
，境内以公路为主，但大都年久失修

。内陆交通运输主要靠汽车和骆驼

。借助东非海运的进步，主要贸易伙伴为沙特阿拉伯
、也门
、阿拉伯联合酋长国、吉布提

、肯尼亚等国。伴随着东非海运的飞跃，海上运输逐渐占重要地位，主要港口有南方的摩加迪沙和基斯马尤，北方的柏培拉和博萨索，加强了索马里海运。南方在战斗时，北方两港承担了主要的海运任务，因此索马里海运进步很快。欧盟又出资对柏培拉和博萨索进行了一定程度的现代化改造
，这对非洲海运也起到了一定的促进作用
。1999年5月，欧盟计划出资150万美元建设柏培拉港。